A III.sz.Belklinika 1975-ben kezdte meg működését Szegedi Gyula vezetésével. A III.sz. Belkinika elődjeként szolgáló belgyógyászati osztály Petrányi Gyula kezdeményezése nyomán 1975-ben kezdte meg működését az 1914-ben megnyitott, Auguszta főhercegnő támogatásával épített tüdőszanatórium részeként. 1982-ben már különálló klinikaként működött.

Szegedi Gyula vezetésével 100 ágyon kezdte gyógyító tevékenységét az intézet, enyhítve a már meglévő két belklinikára eső betegellátási, oktatási terheket. Kialakítottak egy, a kezdetben nehéz körülmények ellenére is jól működő intenzív osztályt és az intézet önállósodása után egy gasztroenterológiai endoszkópos laboratórium is elkezdte működését.

Mivel a Klinika fő profiljává a klinikai immunológia vált, szükség volt egy immunológiai laboratóriumra, (ami ma már Regionális Immunológiai Laboratóriumként országos feladatokat lát el) és a dinamikusan bővülő járóbeteg forgalom magával vonta a szakrendelők kialakítását is.

A belgyógyászaton belül egyre inkább a klinikai immunológia, reumatológia, hematológia, kardiológia, angiológia, gasztroenterológia határozta meg a Klinika profilját.

Az intézet életében minőségi változást hozott az 1997-ben átadott új épületrész, majd a 2005-ben felépült járóbeteg szakrendelő.

Az egyetemi struktúra megváltozása nyomán a három belgyógyászati klinikából Belgyógyászati Intézet lett, ezen belül a III. sz. Belklinikán megalakult a Klinikai Immunológiai, Geriátriai és Belgyógyászati Angiológiai Tanszék. 2008-ban Önálló tanszékként kivált a Reumatológiai Tanszék.