A III. számú Belgyógyászati Klinika elődjeként szolgáló belgyógyászati osztály Prof. Dr. Petrányi Gyula kezdeményezése nyomán Prof. Dr. Szegedi Gyula vezetésével 1975-ben kezdte meg működését Auguszta főhercegnő támogatásával épített tüdőszanatórium részeként. 1982-től önálló klinikaként működött.

Prof. Dr. Szegedi Gyula vezetésével 100 ágyon kezdte meg gyógyító tevékenységét a klinika, enyhítve a már meglévő két belgyógyászati klinikára eső betegellátási és oktatási terheket. Kialakítottak egy, a kezdetben nehéz körülmények ellenére is jól működő intenzív osztályt és a klinika önállósodása után egy gasztroenterológiai endoszkópos laboratórium is elkezdte működését.

Mivel a Klinika fő profiljává a klinikai immunológia vált, szükség volt egy immunológiai laboratóriumra, (ami ma már Regionális Immunológiai Laboratóriumként országos feladatokat lát el) és a dinamikusan bővülő járóbeteg forgalom magával vonta a szakrendelők kialakítását is.

A belgyógyászaton belül a klinikai immunológiával, hematológiával, kardiológiával, angiológiával és gasztroenterológiával egyaránt foglalkoztak a klinikán dolgozó szakorvosok. 
Az intézet életében minőségi változást hozott az 1997-ben átadott új épületrész, majd a 2005-ben felépült járóbeteg szakrendelő.

Az egyetemi struktúra megváltozása nyomán a három belgyógyászati klinikából Belgyógyászati Klinika lett, ezen belül a III. sz. Belgyógyászati Klinika Belgyógyászati Klinika C épület megnevezést kapott. 

2022. május 1-én alakult meg a C épületen belül a Klinikai Immunológiai, Angiológiai és Aferezis Részleg. 

2024. május 1-én a Klinikai Immunológiai Részleg Belgyógyászati Immunológiai Központ rangra emelkedett.